La pillola Ru486 provoca un aborto non chirurgico agendo in due tempi: blocca l'azione progestinica sui recettori inibendo lo sviluppo embrionale e causando il distacco e l'eliminazione della mucosa uterina, con un processo simile a ciò che accade durante le mestruazioni.
Accertato con un’ecografia che la gravidanza sia all'interno dell'utero e di epoca inferiore a 49 giorni (pari a 7 settimane di gestazione), il medico somministra da una a tre compresse da 200 mg di Mifepristone, che deve provocare il distacco dell’embrione dalle pareti dell’utero. Due giorni dopo, se non si è verificata l'espulsione della mucosa e dell'embrione, viene somministrata una prostaglandina (di solito il Misoprostol) che provoca delle contrazioni uterine e la induce nel giro di pochissime ore.
Dopo circa dieci giorni, la paziente torna in ospedale per la verifica ecografica dell'avvenuta interruzione. In tutto, la procedura può durare 14 giorni.